一、原《辦法》和新《辦法》最高處罰額度相同的。例如“應開具而未開具發(fā)票的”行為，原《辦法》和新《辦法》都規(guī)定可處以1萬元以下的罰款。對于這類違法行為，即使是在生效日前后延續(xù)或持續(xù)發(fā)生，也不能分別按原《辦法》和新《辦法》處以罰款，而只能視為一次違法行為，處以1萬元以下的罰款，但可以在最高額度內(nèi)從重處罰。
二、新《辦法》最高處罰額度高于原《辦法》的。原《辦法》對代開、轉(zhuǎn)借、轉(zhuǎn)讓發(fā)票的行為均規(guī)定可處以1萬元以下罰款。而新《辦法》對非法代開及轉(zhuǎn)借、轉(zhuǎn)讓發(fā)票的行為，均規(guī)定分別處以5萬元以下的罰款，對情節(jié)嚴重的，處以5萬元以上50萬元以下的罰款。對于這類性質(zhì)、種類相同但最高處罰額度不同的違法行為，也不應分為兩段處罰，而應將生效日前后發(fā)生的數(shù)次行為合并為一次違法行為，按新《辦法》的規(guī)定的罰款額度進行處罰。
原《辦法》沒有設立處罰規(guī)定，而新《辦法》認為是違法行為，設立了處罰規(guī)定的。
新《辦法》第三十五條第（二）項新增了對“使用稅控裝置開具發(fā)票，未按期向主管稅務機關報送開具發(fā)票的數(shù)據(jù)的行為”可處以1萬元以下罰款的處罰規(guī)定。第三十七條第一款新增了對“讓他人為自己虛開發(fā)票，介紹他人虛開發(fā)票的”行為的處罰；第三十九條第（一）項新增了對“介紹他人轉(zhuǎn)讓發(fā)票、發(fā)票監(jiān)制章和發(fā)票防偽專用品的”行為的處罰，均規(guī)定最高給予50萬元以下的罰款。
對于上述這類違法行為，根據(jù)“不溯及既往”的原則，對行為發(fā)生在生效日以前的，不應給予處罰；而對于在生效日以后發(fā)生這類行為的，應當依法給予處罰。
值得注意的是，如果行為人的此類行為在生效日以前就有發(fā)生，又跨越生效日并在此之后延續(xù)或持續(xù)實施這些行為的，在作出的處罰告知和處罰決定中，稅務機關只需列舉生效日以后發(fā)生的違法行為，依法給予處罰即可，以免被誤認為以新法追溯以往的行為，而招致不必要的行政復議、行政訴訟風險。
原《辦法》有處罰規(guī)定，而新《辦法》不認為是違法行為，沒有設立處罰規(guī)定的。
原《辦法》第三十六條及《細則》相關條款將“未按規(guī)定設置發(fā)票登記簿”和“未按規(guī)定建立發(fā)票保管制度”分別列入未按規(guī)定開具發(fā)票、未按規(guī)定保管發(fā)票的行為，規(guī)定可處以1萬元以下的罰款，但新《辦法》取消了對這些行為的處罰規(guī)定。對于此類原《辦法》有處罰規(guī)定，而新《辦法》不認為是違法，沒有設立處罰規(guī)定的的行為，應分別對待。
對只在生效日之前發(fā)生過這類行為的，遵循“實體從舊”的法理適用原則，仍應按原《辦法》進行處罰，同時鑒于新《辦法》已取消了對其的處罰規(guī)定，可酌情予以從輕處罰。對生效日之后新發(fā)生的這類行為，則應遵循“行政處罰法定”的原則，不應給予處罰。
如果行為人的此類行為在生效日以前就有發(fā)生，又在生效日以后延續(xù)或持續(xù)實施的，應按原《辦法》對發(fā)生在生效日之前的違法行為進行處罰。但在作出的處罰告知和處罰決定中，只能列舉生效日以前發(fā)生的違法行為，不應提及以后的行為，以免被誤認為還在以原法來處罰新法已不認為是違法的行為，從而被判為適用法規(guī)錯誤。
原《辦法》有處罰規(guī)定，而新《辦法》沒有設立處罰規(guī)定的特殊情形。
雖然新《辦法》刪除了原《辦法》中對有些行為的處罰規(guī)定，但并不表示就不是違法行為不需處罰了，只是因為這些處罰規(guī)定與《稅收征管法》中的處罰規(guī)定一致而沒必要再作重復規(guī)定。如原《辦法》第三十六條對“未按照規(guī)定接受稅務機關檢查的”行為的處罰規(guī)定就與《稅收征管法》第七十條的處罰規(guī)定重復，因此在新《辦法》中取消了對該行為的處罰。對于在發(fā)票管理事務中不接受稅務機關檢查的，如果違法行為發(fā)生在生效日以前的，仍按原《辦法》第三十六條的規(guī)定進行處罰；對于生效日以后發(fā)生的此類違法行為，就應依照《稅收征管法》第七十條的規(guī)定進行處罰。在實務中，遇到在新《辦法》中找不到處罰規(guī)定的問題，不能簡單的以為就不是違法行為就不需處罰，還應查看《稅收征管法》等相關法律法規(guī)是否有處罰規(guī)定。
雖然現(xiàn)在對于稅務行政執(zhí)法中的新舊法規(guī)處罰規(guī)定銜接問題尚無明確界定，但是《立法法》第八十四條規(guī)定“法律、行政法規(guī)、地方性法規(guī)、自治條例和單行條例、規(guī)章不溯及既往，但為了更好地保護公民、法人和其他組織的權利和利益而作的特別規(guī)定除外”。2004年最高人民法院《關于審理行政案件適用法律規(guī)范問題的座談會紀要》明確“行政相對人的行為發(fā)生在新法施行以前，具體行政行為作出在新法施行以后，人民法院審查具體行政行為的合法性時，實體問題適用舊法規(guī)定，程序問題適用新法規(guī)定。”
筆者認為，在處理發(fā)票違法案件時，要以維護當事人合法權益為宗旨，總體上遵循“實體從舊、程序從新”的原則，在適用實體法時，為了更好地保護公民、法人和其他組織的權利和利益，應遵守“不溯及既往”的原則。對于生效日以前發(fā)生的違法行為，只能適用原《辦法》的處罰規(guī)定。對跨越生效日延續(xù)或持續(xù)發(fā)生，原《辦法》和新《辦法》都規(guī)定應給以處罰的違法行為，根據(jù)“一事不二罰”的原則，只能根據(jù)新《辦法》對該違法行為給予一次處罰。
處理新舊處罰規(guī)定銜接的問題，最大的難點就在于，有些行為在生效日以前就發(fā)生了，又跨越生效日在以后延續(xù)或持續(xù)實施，且原《辦法》設置了處罰規(guī)定，但新《辦法》取消了相應的處罰規(guī)定；或者原《辦法》不認為是違法行為沒有處罰規(guī)定，但新《辦法》增設了處罰規(guī)定。
對此類情形，應當根據(jù)行為發(fā)生的時間，本著行政處罰法定和保障當事人合法權益的原則，分別適用原《辦法》對生效日以前的違法行為進行處罰，或者適用新《辦法》對生效日以后的違法行為進行處罰，不能用已廢止的處罰規(guī)定對跨越生效日以后的行為進行有法無據(jù)的處罰，更不能以新處罰規(guī)定對以往的行為進行追溯處罰。
