從國際經(jīng)驗來看，各國在引入增值稅合并納稅制度后，通常會制定相應的反避稅措施。我國可以考慮先選取部分行業(yè)進行試點，再將其納入增值稅立法。
增值稅合并納稅制度的發(fā)展
增值稅合并納稅制度是將兩個或者兩個以上在法律上獨立但又在財政、經(jīng)濟或組織上相互聯(lián)系的納稅人作為一個納稅人納稅的制度。這一制度最早是在1977年歐盟的《增值稅第六號指令》中提出的。根據(jù)國家稅務總局貨物和勞務稅司組織編譯的《全球增值稅和銷售稅指引》統(tǒng)計，在目前實行增值稅的122個主要國家(或地區(qū))中，有40個國家(或地區(qū))引入了增值稅合并納稅制度，比較典型的國家有英國、比利時、澳大利亞、新西蘭等。
我國自2016年5月1日起引入增值稅合并納稅制度，2017年7月1日起廢止。2019年11月27日，財政部、國家稅務總局發(fā)布《中華人民共和國增值稅法(征求意見稿)》，恢復了合并納稅制度條款。
如果不考慮在法律上獨立這一因素，我國自1994年分稅制改革以來，就已經(jīng)有將兩個或兩個以上在財政、經(jīng)濟或組織上相互聯(lián)系的納稅人作為一個納稅人征稅的制度，即總機構和分支機構不在同一縣(市)的納稅人，經(jīng)國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅，簡稱匯總申報納稅制度。從實踐來看，由財政部和國家稅務總局規(guī)定的匯總申報納稅的行業(yè)主要有鐵路和航空運輸，各省匯總的行業(yè)則比較廣泛。
合并納稅制度和匯總申報納稅制度存在明顯差異，即：被合并納稅成員單位通常具有獨立法律地位，獨立承擔相關責任;而被匯總申報納稅單位只限于分支機構，不具有獨立法律地位。
可能出現(xiàn)的避稅行為
增值稅合并納稅制度固然有利于節(jié)約征納雙方的成本，體現(xiàn)了實質課稅和中性原則等優(yōu)點，但也有可能被納稅人通過實施避稅措施獲取稅收方面的利益。
利用成為或者退出合并納稅成員獲得進項抵扣。從國際經(jīng)驗來看，各國在引入增值稅合并納稅制度時，通常會從財政、經(jīng)濟或組織三個方面設置一些限制條件，特別是股份比例限制。但納稅人仍可能通過股份轉讓等方式滿足條件，利用合并納稅制度獲得進項抵扣。
利用內部交易不作為應稅交易的原則獲得進項抵扣。適用增值稅合并納稅制度的納稅人，作為一個獨立納稅人納稅，合并納稅成員之間的交易行為，通常被認為是內部交易，不屬于應稅交易，不需要計算繳納增值稅。如果發(fā)生免稅、簡易計稅等不得抵扣進項稅額的行為，那么適用合并納稅制度的納稅人將可以抵扣進項稅額，而不適用合并納稅制度的納稅人發(fā)生上述行為將不得抵扣進項稅額，從而在適用與不適用合并納稅制度的納稅人之間造成不公平，影響增值稅中性原則。
可能存在擴大稅收優(yōu)惠政策適用范圍的情況。目前，我國增值稅稅收優(yōu)惠政策呈現(xiàn)種類和數(shù)量雙多的局面。為了確保優(yōu)惠政策執(zhí)行效果，有的優(yōu)惠政策規(guī)定了適用條件。在適用合并納稅制度以后，成員之間將可以更容易地轉移業(yè)務，從而使本不滿足優(yōu)惠條件的收入享受稅收優(yōu)惠，規(guī)避稅收監(jiān)管。
利用留抵退稅制度獲取退稅款。我國目前的留抵退稅制度，對于部分先進制造業(yè)與其他一般企業(yè)在退稅條件、退稅比例方面都存在較大差異。一旦實行合并納稅制度，如果以整個集團的條件來確定是否符合部分先進制造業(yè)或者其他企業(yè)的標準，則可能導致將單個合并納稅成員不符合退稅條件的留抵稅額予以退稅。
可能利用地方財政體制不同獲取經(jīng)濟利益。在目前財政體制下，不同地方稅收收入的地方占比不一樣，地方政府招商引資財政獎勵的政策也存在差異。實行合并納稅制度后，如果不能采用合理的方法劃分合并納稅成員與總部所在地的稅款，那么可能導致納稅人向稅收返還多的地方流動。
制定相應的反避稅措施
從國際經(jīng)驗來看，各國在引入增值稅合并納稅制度后，通常會制定相應的反避稅措施，比較典型的是英國、比利時、澳大利亞等。我國在引入增值稅合并納稅制度時，也應考慮一并出臺相應的反避稅條款。
嚴格設立進入和退出合并納稅制度條款。在允許申請適用合并納稅制度時，歐盟成員國一般從財政、經(jīng)濟或組織三個方面設置條件，我國可以考慮從嚴掌握納入合并納稅制度范圍，只將母子公司納入合并納稅，控股公司、參股公司、境外子公司不適用合并納稅制度。在退出合并納稅制度時設置限制性條款，可以規(guī)定：一旦適用合并納稅制度，36個月內不得申請退出;一旦申請退出，36個月內不得再申請;如果合并納稅成員由于股份變化，不再滿足合并納稅條件，則必須按照獨立交易原則對其自適用合并納稅制度以來的增值稅情況進行清算。
限制內部交易不作為應稅交易原則的適用范圍。為維護增值稅的中性原則，可在規(guī)定合并納稅制度下的內部交易不作為應稅交易的一般原則下，設置例外條款：如果發(fā)生免稅、簡易計稅、不得抵扣進項稅額等行為，則內部交易不屬于非應稅行為，應按照一般原則征稅。
區(qū)分即征即退和非即征即退優(yōu)惠政策。從稅收優(yōu)惠的性質和對增值稅鏈條傳導機制的影響來看，可以考慮區(qū)分即征即退和非即征即退兩類優(yōu)惠政策進行處理：一是適用即征即退優(yōu)惠政策的納稅人不能適用合并納稅制度;已經(jīng)適用合并納稅制度，需申請退出，并自適用合并納稅之日起，按照獨立交易原則進行清算。二是對于適用非即征即退類稅收優(yōu)惠的納稅人，可考慮納入合并納稅范圍，但仍嚴格按照單個合并納稅成員是否符合條件來判斷能否享受稅收優(yōu)惠。
合理設置稅款分配制度。在現(xiàn)有財政體制不作調整，或者轉移支付無法解決收入轉移問題的情況下，可以吸收我國匯總申報納稅的經(jīng)驗，合理設置地域間稅款分配制度，采用“按預征率在被匯總單位所在地預繳，匯總單位清算;按貨物數(shù)量、人口數(shù)量等數(shù)據(jù)分配稅款;按銷售額占比分配稅款”等方法。為了更好地建立征退稅銜接機制，留抵退稅可以由合并納稅集團公司統(tǒng)一申請退稅，退稅款按照各地已征稅款占比進行分配，但不得超過各地已征稅款總額，超過部分由匯總納稅集團公司所在地辦理退稅。
綜上所述，目前在我國引入合并納稅制度，需要建立完善許多配套制度，可以考慮先選取部分行業(yè)進行試點，再將其納入增值稅立法。
