一、非營利組織免稅資格的申請
（一）申請受理機關
1、經(jīng)本市市級（含市級）以上登記管理機關批準設立或登記的符合條件的非營利組織，企業(yè)所得稅由國稅部門負責征管的，應向北京市國家稅務局提出免稅資格申請；企業(yè)所得稅由地稅部門負責征管的，應向北京市地方稅務局提出免稅資格申請。
經(jīng)本市區(qū)（縣）級登記管理機關批準設立或登記的符合條件的非營利組織，企業(yè)所得稅由國稅部門負責征管的，應向所在區(qū)（縣）國家稅務局提出免稅資格申請；企業(yè)所得稅由地稅部門負責征管的，應向所在區(qū)（縣）地方稅務局提出免稅資格申請。
根據(jù)《國家稅務總局關于調(diào)整新增企業(yè)所得稅征管范圍問題的通知》（國稅發(fā)[2008]120號）規(guī)定，2009年1月1日以后新增企業(yè)所得稅納稅人中，應繳納增值稅的，其企業(yè)所得稅由國家稅務局管理：應繳納營業(yè)稅的，其企業(yè)所得稅由地方稅務局管理。
2．非營利組織申請免稅資格的申請資料一律交至本組織企業(yè)所得稅主管國、地稅稅務機關。
（二）申請時間
非營利組織應進行自我評價，凡認為符合123號文件規(guī)定條件的，于申請免稅資格年度的次年4月15日前，提出該年度免稅資格認定申請。所報送的申請資料所屬年度應與申請免稅資格的年度相對應。
（三）應報送的資料及相關要求
非營利組織提出免稅資格申請時，應按照123號文件第三條的規(guī)定報送資料，并保證報送資料的完備性和合規(guī)性，具體要求如下：
1．申請報告
納稅人應按照以下要求在申請報告中逐一說明本組織符合123號文件第一條所規(guī)定的九項條件的依據(jù)，并填報《非營利組織免稅資格認定申請表》(附件1)。
(l)基本情況說明
具體內(nèi)容包括本組織的名稱、成立時間、成立法律依據(jù)、非營利組織類型、非營利組織登記證書編號、登記管理機關和業(yè)務主管部門等。
(2)從事公益性或者非營利性活動，且活動范圍主要在中國境內(nèi)的說明
非營利組織須詳細說明所從事活動的內(nèi)容、地點以及符合公益性或非營利性目的的依據(jù)；對于超出章程或管理制度規(guī)定的事項須單獨予以注明。
(3)申請免稅資格年度的支出情況說明
非營利組織須列明申請免稅資格年度的總支出、明細支出以及對應的收款單位和支出內(nèi)容；對用于超出登記管理機關所核定的或章程所規(guī)定的公益性或非營利性事業(yè)的支出須單獨予以注明。
(4)財產(chǎn)及其孳息的分配情況說明
非營利組織應詳細說明截至申請免稅資格年度末，該組織財產(chǎn)及孳息的實際情況及分配情況，應包括成立時投入人投入資產(chǎn)的情況、申請免稅資格年度購入資產(chǎn)的情況、申請免稅資格年度接受捐贈的情況、產(chǎn)生孳息的明細情況（經(jīng)營性收入產(chǎn)生的孳息、非經(jīng)營性收入產(chǎn)生的孳息）等。
(5)登記核定或章程對于注銷后的剩余財產(chǎn)用途的規(guī)定
非營利組織應結合章程或管理制度說明對于注銷后的剩余財產(chǎn)用途的相關規(guī)定。
(6)投入人對投入該組織的財產(chǎn)不保留或者享有任何財產(chǎn)權利的說明
非營利組織應詳細說明本組織財產(chǎn)的來源，并提供投入人對投入該組織的財產(chǎn)不保留或者享有任何財產(chǎn)權利的聲明或列示章程、管理制度中的相關規(guī)定。本款所稱投入人是指除各級人民政府及其部門外的法人、自然人和其他組織。
(7)申請免稅資格年度的工作人員平均工資薪金水平、福利情況說明
非營利組織應詳細說明本組織工作人員平均工資薪金水平，以向與本組織簽訂勞動合同并按照有關規(guī)定為其繳納社會保險人員發(fā)放的工資總額除以同口徑的年平均人數(shù)得出。
非營利組織應詳細說明本組織截至申請免稅資格年度末發(fā)放給與本組織建立勞動關系的工作人員福利情況，并核算實際發(fā)放的各種福利占工資總額的比例。
(8)申請免稅資格年度的年檢情況說明
非營利組織應說明其參加年檢的情況及登記管理機關出具的年檢結論。
(9)應稅收入及其有關的成本、費用、損失與免稅收入及其有關的成本、費用、損失能夠分別核算的說明
非營利組織應詳細列明申請免稅資格年度各項收入及對應形成的支出的內(nèi)容和金額。
2．事業(yè)單位、社會團體、基金會、民辦非企業(yè)單位的組織章程或宗教活動場所的管理制度
非營利組織所提交的章程或管理制度，應與經(jīng)登記管理部門核準的相一致。
3．稅務登記證復印件
4．非營利組織登記證復印件
5．申請前年度的資金來源及使用情況、公益活動和非營利活動的明細情況
應包括非營利性收入、營利性收入的來源及取得收入的方式；公益性和非營利性活動的項目名稱、活動時間和地點、支出金額（含貨幣性和非貨幣性）；其他合理支出的支出（處置）項目以及支出金額（含貨幣性和非貨幣性）等。
6．具有資質(zhì)的中介機構鑒證的申請前會計年度的財務報表和審計報告
7．登記管理機關出具的事業(yè)單位、社會團體、基金會、民辦非企業(yè)單位申請前年度的年度檢查結論
8．財政、稅務部門要求提供的其他材料
非營利組織報送的所有資料均應加蓋本組織公章。并對所報送資料的真實性作書面聲明。
二、非營利組織免稅資格的認定
（一）認定單位
1．市級認定
經(jīng)本市市級（含市級）以上登記管理機關批準設立或登記的非營利組織享受免稅資格的，由北京市財政局、北京市國家稅務局、北京市地方稅務局共同認定。
2．區(qū)（縣）級認定
經(jīng)本市區(qū)（縣）級登記管理機關批準設立或登記的非營利組織享受免稅資格的，由所在區(qū)（縣）財政局、國家稅務局、地方稅務局共同認定。
（二）認定流程
1．市級認定
(1)初審
主管稅務機關收到經(jīng)本市市級（含市級）以上登記管理機關批準設立或登記的非營利組織免稅資格申請材料后，應對所報送資料的完備性和合規(guī)性進行即時審核。
初審合格的，主管稅務機關應于收取資料10個工作日內(nèi)填寫《非營利組織申請認定免稅資格資料審核（轉(zhuǎn)交）單》(附件2)，并將資料移送市國稅局、市地稅局。初審不合格的，主管稅務機關應將申請資料退回非營利組織。
（2)復審
市國（地）稅局收到區(qū)（縣）局移送的資料后，應及時對申請資料的完備性和合規(guī)性進行復審。
復審合格的，應及時填寫《非營利組織免稅資格申請資料移送單》（附件3）并將相關資料送市財政局。復審不合格的填寫《非營利組織申請認定免稅資格資料退回單》（附件4），詳細注明退回原因，及時退回非營利組織主管稅務機關，并由主管稅務機關通知申請人。
(3)認定
北京市財政局接收資料并及時召集北京市國家稅務局、北京市地方稅務局參加審議，對非營利組織的免稅資格進行共同認定。
認定合格的，北京市財政局、北京市國家稅務局、北京市地方稅務局應聯(lián)合以正式文件的形式公布享受免稅資格的非營利組織名單，并于文件印發(fā)后及時在各自部門的官方網(wǎng)站上發(fā)布；認定不合格的，應共同填寫《非營利組織申請認定免稅資格資料退回單》，注明退回原因，由主管稅務機關通知申請人。
2．區(qū)（縣）級認定
(1)審核
主管稅務機關收到經(jīng)本市區(qū)（縣）級登記管理機關批準設立或登記的非營利組織免稅資格申請材料后，應對所報送資料的完備性和合規(guī)性進行即時審核。
審核合格的，應及時將相關資料送區(qū)（縣）財政局。審核不合格的，主管稅務機關應將申請資料退回非營利組織。
(2)認定
區(qū)（縣）財政部門接收資料并及時召集同級國、地稅稅務部門參加審議，對非營利組織的免稅資格進行共同認定。
認定合格的，區(qū)（縣）財政、稅務部門應聯(lián)合以正式文件的形式公布享受免稅資格的非營利組織名單，并于正式文件印發(fā)5個工作日內(nèi)在各自部門的官方網(wǎng)站上公布；認定不合格的，應共同填寫《非營利組織申請認定免稅資格資料退回單》，注明退回原因，由主管稅務機關通知申請人。
(3)備案
區(qū)（縣）財政、稅務部門應將其制發(fā)的公布享受非營利組織免稅資格名單的正式文件抄報上級財政、稅務部門備案。
三、取得免稅資格的非營利組織的企業(yè)所得稅后續(xù)管理
（一）享受稅收優(yōu)惠的備案管理
1．企業(yè)所得稅由國稅部門征管的非營利組織取得免稅資格后，應在取得免稅資格的第一個年度企業(yè)所得稅匯算清繳申報時，按照北京市國家稅務局企業(yè)所得稅減免稅管理工作的要求到主管稅務機關完成免稅資格的備案。
免稅資格有效期內(nèi)的非營利組織應隨同年度企業(yè)所得稅匯算清繳申報，報送以下資料（被認定免稅資格的第一個年度可不報送）：
(1)加蓋非營利組織公章的關于該納稅年度是否符合免稅條件以及是否受到登記管理機關處罰的說明；
(2)經(jīng)主管稅務機關稅源管理部門確認的該年度是否受到主管稅務機關行政處罰的聲明；
(3)已完成該年度年檢的，應報送登記管理機關出具的該年度的年度檢查結論復印件；已參加該年度年檢，但因登記管理機關原因而尚未完成年檢的，應報送加蓋非營利組織公章的情況說明，并于完成年檢后5個工作日內(nèi)報送登記管理機關出具的該年度的年度檢查結論復印件。
2．企業(yè)所得稅由地稅部門征管的非營利組織取得免稅資格后，應在每年的企業(yè)所得稅匯算清繳期內(nèi)，按照《北京市地方稅務局關于印發(fā) <企業(yè)所得稅減免稅備案管理工作規(guī)程（試行）> 的通知》（京地稅企（2010）39號）的規(guī)定，到主管稅務機關進行減免稅備案。備案時，應報送以下資料：
(1)財政、稅務部門公布符合條件非營利組織名單的文件；
(2)非營利組織取得財稅[2009]122號文件規(guī)定的免稅收入的證明；
(3)該納稅年度是否符合免稅條件的說明；
(4)該納稅年度是否受到登記管理機關處罰的說明：
(5)登記管理機關出具的該年度的年檢結論復印件；
(6)稅務機關要求報送的其他資料。
（二）企業(yè)所得稅預繳及匯算清繳的有關事項
1．免稅資格有效期內(nèi)的非營利組織，應按期進行預繳申報，預繳企業(yè)所得稅時，對其取得符合122號文件規(guī)定條件的免稅收入應免征的稅額，在預繳申報表“減免所得稅額”行中予以填列。
2．處于免稅資格有效期內(nèi)的非營利組織，進行年度企業(yè)所得稅匯算清繳申報時，應隨同申報資料、備案資料同時報送加蓋非營利組織公章的、作為免稅收入申報的收入清單。清單應包括：122號文件第一條所列舉的免稅收入種類名稱、金額、符合免稅收入條件的證明材料名稱。
3．對于取得免稅資格的非營利組織申報的免稅收入，主管稅務機關應結合本局征管實際，在日常管理中，嚴格按照123號文件第五條第二款的規(guī)定進行審查。
（三）免稅條件、資格的審核
主管稅務機關應結合非營利組織報送的年度匯算清繳資料，對其所申報的免稅收入是否符合規(guī)定、免稅條件是否發(fā)生變化以及是否存在123號文件第六條規(guī)定的應取消資格的情況進行審核。經(jīng)審核，對免稅條件發(fā)生變化或存在應取消資格情況的，按以下原則處理：
1．經(jīng)本市市級認定機構認定免稅資格的，主管稅務機關應填寫《非營利組織免稅資格復核申請單》（附件5），詳細注明復核原因，上報北京市國家稅務局、北京市地方稅務局。市局收到《營利組織免稅資格復核申請單》后，應及時將復核申請單轉(zhuǎn)交北京市財政局，北京市財政局應及時召集專門會議進行復核。
經(jīng)復核予以撤銷免稅資格的，由北京市財政局、北京市國家稅務局、北京市地方稅務局聯(lián)合以正式文件的形式公布取消免稅資格的非營利組織名單，并于正式文件印發(fā)后及時在各自部門的官方網(wǎng)站上公布。經(jīng)復核繼續(xù)享受免稅資格的，由北京市財政局、北京市國家稅務局、北京市地方稅務局分別簽署意見并注明原因后，反饋給提出復核申請的主管稅務機關。
2．經(jīng)本市區(qū)（縣）級認定機構認定免稅資格的，主管稅務機關應填寫《非營利組織免稅資格復核申請單》，詳細注明復核原因，轉(zhuǎn)交同級財政部門，同級財政部門應及時召集專門會議進行復核。
經(jīng)復核予以撤銷免稅資格的，由區(qū)（縣）財政、稅務部門聯(lián)合以正式文件的形式公布取消免稅資格的非營利組織名單，并于正式文件印后及時在各自部門的官方網(wǎng)站上公布。公布取消免稅資格的非營利組織名單的正式文件應抄報上級財政、稅務部門。
經(jīng)復核繼續(xù)享受免稅資格的，財政、稅務部門分別簽署意見后，由各部門分別留存。
四、本通知自印發(fā)之日開始執(zhí)行。
附件：
1、非營利組織免稅資格認定申請表
2、非營利組織申請認定免稅資格資料審核（轉(zhuǎn)交）單
3、非營利組織免稅資格申請資料移送單
4、非營利組織申請認定免稅資格資料退回單
5、非營利組織免稅資格復核申請單
