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《國家稅務(wù)總局關(guān)于國內(nèi)旅客運輸服務(wù)進項稅抵扣等增值稅征管問題的公告》（國家稅務(wù)總局公告2019年第31號）規(guī)定，國內(nèi)旅客運輸服務(wù)中的旅客，僅限于與本單位簽訂了勞動合同的員工，以及本單位作為用工單位接受的勞務(wù)派遣員工發(fā)生的國內(nèi)旅客運輸服務(wù)。
實務(wù)中，如果員工和分公司簽訂了勞動合同，工資在分公司發(fā)放，該員工發(fā)生的國內(nèi)旅客運輸服務(wù)可否在總公司抵扣增值稅？
一、分公司就地繳納增值稅
《中華人民共和國增值稅暫行條例》（國務(wù)院令第134號）規(guī)定，總機構(gòu)和分支機構(gòu)不在同一縣（市）的，應(yīng)當分別向各自所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅；經(jīng)國家稅務(wù)總局或其授權(quán)的稅務(wù)機關(guān)批準，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地主管稅務(wù)機關(guān)申報納稅。
和企業(yè)所得稅不同，分支機構(gòu)屬于增值稅獨立納稅主體，如果分公司就地繳納增值稅，則分支機構(gòu)只能就分支機構(gòu)的銷售額和可抵扣進項稅額計算分支機構(gòu)應(yīng)該繳納的增值稅，分支機構(gòu)如果當期進項稅額大于銷項稅額，該差額部分也不能抵減總公司當期應(yīng)納增值稅額。
因此，在分公司就地繳納增值稅的情況下，分公司員工發(fā)生的國內(nèi)旅客運輸服務(wù)，不能在總公司抵扣增值稅。
二、分公司不就地繳納增值稅
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總分機構(gòu)不在同一縣市，但在同一省區(qū)內(nèi)，總分機構(gòu)的增值稅該如何繳納呢？
《財政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于固定業(yè)戶總分支機構(gòu)增值稅匯總納稅有關(guān)政策的通知》（財稅[2012]9號）規(guī)定，固定業(yè)戶的總分支機構(gòu)不在同一縣（市），但在同一?。▍^(qū)、市）范圍內(nèi)的，經(jīng)?。▍^(qū)、市）財政廳（局）、國家稅務(wù)局審批同意，可以由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報繳納增值稅。
如果在同一地區(qū)的總分機構(gòu)經(jīng)過審批后，由總機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機關(guān)申報繳納增值稅，分支機構(gòu)無需就地繳納增值稅。總公司申報的銷項稅額實際上就是總分機構(gòu)的合計對外銷售所對應(yīng)的銷項稅額，可抵扣的進項稅額實際就是總分機構(gòu)共同發(fā)生的符合政策要求的合計對外采購所對應(yīng)的進項稅額。
因此，在總分機構(gòu)在同一地區(qū)，且總分機構(gòu)匯總向總機構(gòu)所在地申報繳納增值稅的情況下，分支機構(gòu)員工發(fā)生的國內(nèi)旅客運輸服務(wù)，可以在總機構(gòu)抵扣增值稅。
（二）總分機構(gòu)不在同一地區(qū)
總分機構(gòu)不在同一地區(qū)，一般情況下，增值稅由總分機構(gòu)分別就地繳納。但也并非絕對如此，以下情形就是例外。
1、總機構(gòu)負責開戶、收款、開票
按照《國家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人以資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)方式收取貨款增值稅納稅地點問題的通知》的規(guī)定，納稅人以總機構(gòu)的名義在各地開立賬戶，通過資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)在各地向購貨方收取銷貨款，由總機構(gòu)直接向購貨方開具發(fā)票的行為，不具備《國家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所屬機構(gòu)間移送貨物征收增值稅問題的通知》（國稅發(fā)〔1998〕137號）規(guī)定的受貨機構(gòu)向購貨方開具發(fā)票、向購貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應(yīng)稅收入應(yīng)當在總機構(gòu)所在地繳納增值稅。
依據(jù)上述規(guī)定，總分機構(gòu)滿足上述情形，所有收入均應(yīng)在總機構(gòu)所在地繳納增值稅。與此對應(yīng)，分支機構(gòu)發(fā)生的各項支出所對應(yīng)的進項稅也應(yīng)在總機構(gòu)抵扣。
因此，在這種情況下，分支機構(gòu)發(fā)生的與總機構(gòu)收入匹配的進項稅額（包括分支機構(gòu)員工發(fā)生的國內(nèi)旅客運輸服務(wù)對應(yīng)的進項稅額），就可以在總機構(gòu)進行抵扣。
2、分支機構(gòu)屬于不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且不需在當?shù)乩U納增值稅的產(chǎn)品售后服務(wù)中心、內(nèi)部研發(fā)中心、倉儲中心等
這種情況在實務(wù)中也比較常見，公司為了節(jié)約成本，在不同地區(qū)設(shè)立不具有生產(chǎn)經(jīng)營職能的產(chǎn)品售后服務(wù)中心、內(nèi)部研發(fā)中心、倉儲中心等，不需在當?shù)乩U納增值稅。
在這種情況下，該類分支機構(gòu)只是成本中心，沒有收入發(fā)生，無需再當?shù)乩U納增值稅，其發(fā)生的與總機構(gòu)收入匹配的進項稅額（包括分支機構(gòu)員工發(fā)生的國內(nèi)旅客運輸服務(wù)對應(yīng)的進項稅額），也可以在總機構(gòu)進行抵扣。
小提示：理論上可行的，實務(wù)中不一定行得通。各地稅務(wù)機關(guān)如何理解，只能自己去溝通了……
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