自2008年1月1日起，我國新《企業(yè)所得稅法》施行。同年，與之配套的高新技術企業(yè)認定管理工作啟動。據(jù)科技部統(tǒng)計，目前全國通過認定的高新技術企業(yè)已近4萬個。2008年以來，這些通過認定的高新技術企業(yè)陸續(xù)享受到企業(yè)所得稅優(yōu)惠稅率15%，而企業(yè)所得稅的稅率為25%.依照相關規(guī)定，高新技術企業(yè)只有通過認定，才能享受到上述優(yōu)惠；高新技術企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為3年，到期復審。
2008年8月，由科技部、財政部、國家稅務總局組成的認定小組啟動高新技術企業(yè)認定工作。根據(jù)《高新技術企業(yè)認定管理辦法》，所有高新技術企業(yè)都需要依據(jù)新標準重新認定。該辦法在核心自主知識產權、研發(fā)活動、研發(fā)費用投入以及高新收入等方面均設置了嚴格條件，致全國高新企業(yè)重新洗牌。2009年底，全國高新技術企業(yè)共25386個，比實行新標準前的2007年底減少30661個，降幅高達54.7%.
依規(guī)定，高新資格自頒發(fā)證書之日起有效期為3年，2008年通過認定的首批高新技術企業(yè)資格認定到期。據(jù)悉，2008年，全國34個地區(qū)（不含新疆、西藏）共有15547家企業(yè)通過了高新技術企業(yè)評審認定，記者從科技部了解到，目前，復審報備工作已經結束，全國已有12849個于2008年取得高新資格的高新企業(yè)通過復審（截至2011年12月初）。
在高新企業(yè)認定及所得稅優(yōu)惠實施過程中，由科技部、財政部、國家稅務總局等相關部門組成的認定機構對高新技術企業(yè)的監(jiān)管力度日益加大。3年來，審計署、財政部和科技部均對已通過認定的高新技術企業(yè)進行了抽查，部分已取得高新技術企業(yè)資質的企業(yè)也因此被撤銷資格。對此，科技部等國家高新認定主管部門明確提出，將通過高新技術企業(yè)復審集中清理掉不符合標準的高新企業(yè)。
企業(yè)所得稅優(yōu)惠對于扶持高新技術企業(yè)發(fā)展，提高我國企業(yè)自主創(chuàng)新能力起到了重大作用。實行高新技術企業(yè)新的認定標準以來，盡管高新技術企業(yè)數(shù)量與2007年相比有所減少，但企業(yè)創(chuàng)造的凈利潤實現(xiàn)連年增加。2010年，全國高新技術企業(yè)凈利潤達9807億元，同比增長54.9%.同年，我國共投入研究開發(fā)經費7062.6億元，占國內生產總值的1.76%。
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