二要按照存貨購(gòu)、銷、存的公式，自查是否多取得了進(jìn)項(xiàng)稅額發(fā)票。
其存貨購(gòu)、銷、存的稽核公式為：期末存貨 銷售成本=期末存貨 存貨購(gòu)進(jìn)金額，計(jì)算出購(gòu)進(jìn)存貨的測(cè)算值，再核實(shí)購(gòu)進(jìn)存貨取得進(jìn)項(xiàng)發(fā)票的金額，將實(shí)際購(gòu)進(jìn)存貨取得進(jìn)項(xiàng)發(fā)票數(shù)進(jìn)行比較，核實(shí)企業(yè)是否多取得了進(jìn)項(xiàng)稅額發(fā)票。接上例，該超市銷售成本為880萬(wàn)元，已取得購(gòu)進(jìn)項(xiàng)目的發(fā)票金額為970萬(wàn)元，而購(gòu)進(jìn)存貨的測(cè)算值為930萬(wàn)元（880 150-100），取得發(fā)票的購(gòu)進(jìn)金額比購(gòu)進(jìn)存貨的測(cè)算值要多40萬(wàn)元，貌似該超市多取得了進(jìn)項(xiàng)發(fā)票。實(shí)際上，核實(shí)購(gòu)進(jìn)存貨取得進(jìn)項(xiàng)發(fā)票時(shí)，一定要考慮購(gòu)進(jìn)存貨未取得發(fā)票或未取得抵扣發(fā)票的金額、固定資產(chǎn)購(gòu)進(jìn)金額以及列入費(fèi)用項(xiàng)目的購(gòu)進(jìn)金額。接上例，該超市未取得抵扣發(fā)票金額為10萬(wàn)元，固定資產(chǎn)購(gòu)進(jìn)量為20萬(wàn)元，列入管理費(fèi)用的水電費(fèi)為30萬(wàn)元，則實(shí)際購(gòu)進(jìn)存貨的取票金額為930萬(wàn)元（970 10-20-30）。把這些都考慮進(jìn)去后，實(shí)際購(gòu)進(jìn)存貨的取票金額與購(gòu)進(jìn)存貨的測(cè)算值是一致的，不存在多取得進(jìn)項(xiàng)發(fā)票的現(xiàn)象。
三要自查是否將增值稅應(yīng)稅項(xiàng)目列為營(yíng)業(yè)稅項(xiàng)目。
超市一般有三種經(jīng)營(yíng)方式：自營(yíng)、聯(lián)營(yíng)和租賃。其中聯(lián)營(yíng)部分的收入由兩部分組成：
一個(gè)是聯(lián)營(yíng)扣點(diǎn)收入，應(yīng)作為增值稅應(yīng)稅項(xiàng)目繳納增值稅；
另一個(gè)是向供貨商收取的返利、促銷服務(wù)費(fèi)、場(chǎng)地管理費(fèi)、展示費(fèi)、陳列費(fèi)等，根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于商業(yè)企業(yè)向貨物供應(yīng)方收取的部分費(fèi)用征收流轉(zhuǎn)稅問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)[2004]136號(hào)）的規(guī)定，這部分收入如果與商品銷售量、銷售額無(wú)必然聯(lián)系，且商業(yè)企業(yè)向供貨方提供一定勞務(wù)的收入，應(yīng)按營(yíng)業(yè)稅的適用稅目稅率征收營(yíng)業(yè)稅，如果與商品銷售量、銷售額掛鉤（如以一定比例、金額、數(shù)量計(jì)算）的各種返還收入，均應(yīng)按照平銷返利行為的有關(guān)規(guī)定沖減當(dāng)期增值稅進(jìn)項(xiàng)稅金，不征收營(yíng)業(yè)稅。超市在自查時(shí)，要特別注意聯(lián)營(yíng)扣點(diǎn)收入是否按合同規(guī)定的扣點(diǎn)收取，是否有具體的結(jié)算單。比如，合同規(guī)定是20%的扣點(diǎn)，那么該商品的毛利率就是20%，如果沒(méi)有達(dá)到20%，就要核實(shí)是否將部分毛利額列為營(yíng)業(yè)稅項(xiàng)目。
另外，要核實(shí)向供貨商收取的返利、促銷服務(wù)費(fèi)、場(chǎng)地管理費(fèi)、展示費(fèi)、陳列費(fèi)等其經(jīng)濟(jì)實(shí)質(zhì)是否與商品銷售量、銷售額掛鉤。如果是直接相關(guān)的，如以一定比例、金額、數(shù)量計(jì)算收取的，不管以什么名義收取的，都要作為增值稅項(xiàng)目沖減當(dāng)其增值稅進(jìn)項(xiàng)稅金。如果與商品銷售量、銷售額無(wú)必然聯(lián)系，應(yīng)作營(yíng)業(yè)稅項(xiàng)目征稅，同時(shí)應(yīng)當(dāng)準(zhǔn)備好相關(guān)的合同、協(xié)議及在物價(jià)局備案的收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)、具體的結(jié)算單據(jù)等資料，以備檢查。
四要自查發(fā)售商業(yè)預(yù)付卡是否按規(guī)定開(kāi)具發(fā)票，是否按規(guī)定計(jì)算繳納稅款。
對(duì)商場(chǎng)、超市等商業(yè)企業(yè)發(fā)售商業(yè)預(yù)付卡的業(yè)務(wù)，是按直接收款方式還是按預(yù)收賬款的方式進(jìn)行稅收、會(huì)計(jì)處理，相關(guān)的法律、法規(guī)都沒(méi)有作明確的規(guī)定，各地執(zhí)行的政策也不一致，但超市在處理商業(yè)預(yù)付卡業(yè)務(wù)時(shí)，要掌握兩個(gè)原則：一是不管按哪種方式進(jìn)行稅收、會(huì)計(jì)處理，只要開(kāi)具發(fā)票的，按照增值稅暫行條例第十九條第一款的規(guī)定，都要在開(kāi)具發(fā)票的當(dāng)月計(jì)算繳納稅款。二是不管在哪個(gè)環(huán)節(jié)開(kāi)具發(fā)票，不能既在發(fā)售商業(yè)預(yù)付卡時(shí)開(kāi)具又在消費(fèi)者使用商業(yè)預(yù)付卡購(gòu)物或消費(fèi)時(shí)開(kāi)具，不得重復(fù)開(kāi)具發(fā)票。
五要自查從租賃店收取的電費(fèi)收入是否作收入計(jì)算繳納增值稅或作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出，公共部分使用的電費(fèi)是否作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。
超市購(gòu)進(jìn)的電力用于租賃經(jīng)營(yíng)，屬于用于非增值稅應(yīng)稅項(xiàng)目，按照增值稅暫行條例第十條第一款的規(guī)定，要進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。如果超市開(kāi)具了發(fā)票給租賃店，那應(yīng)當(dāng)作銷售收入計(jì)算繳納增值稅。由于超市還有部分免稅銷售收入及從聯(lián)營(yíng)供應(yīng)商取得營(yíng)業(yè)稅項(xiàng)目收入，對(duì)公共部分使用的電費(fèi)，要按照增值稅暫行條例實(shí)施細(xì)則第二十六條規(guī)定，按下列公式計(jì)算不得抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額：不得抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額＝當(dāng)月無(wú)法劃分的全部進(jìn)項(xiàng)稅額×當(dāng)月免稅項(xiàng)目銷售額、非增值稅應(yīng)稅勞務(wù)營(yíng)業(yè)額合計(jì)÷當(dāng)月全部銷售額、營(yíng)業(yè)額合計(jì)收入的比例，依此作進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。
六要清查是否存在混淆稅率的情況，有無(wú)將17%稅率商品按13%稅率計(jì)稅，有無(wú)將13%稅率商品按免稅貨物計(jì)稅的情況。
如果有混淆稅率的情況，要補(bǔ)繳增值稅，并及時(shí)將財(cái)務(wù)核算軟件的商品稅率進(jìn)行調(diào)整。
